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L’objectif de ce travail est de préciser à différentes échelles les liens qui existent entre phylogénie, virulence et résistance aux antibiotiques dans l’espèce Escherichia coli.

Dans un premier temps, l’étude à porté sur l’estérase B la caractérisant comme un excellent marqueur de phylogénie. L’étude de l’évolution de souches par le séquençage de génomes entiers a ensuite été rélaisé par génomique comparative. Nous avons à cette occasion identifié un module chromosomique de résistance chez une souche responsable d’infections urinaires et multirésistante. La troisième partie du travail a concerné des populations d’isolats naturels provenant d’humains, de leurs animaux domestiques et d’animaux sauvages, caractérisées comme très distinctes.

Ces 3 niveaux d’étude de l’évolution de souches nous ont permis de préciser les facteurs qui régissent leur adaptation à différents environnements, les rapports entre leur génome, leurs habitats écologiques et les pressions de sélection subies.

The aim of this work was to precise relations between phylogney, virulence and resistance to antibiotics in the species Escherichia coli. At first, we characterized the esterase B, as a perfomant marker of phylogeny. The study of the evolution of strains was then realised using whole genome sequencing. This allowed also us to identify a chromosomic module of resistance in a virulent and multiresistant strain. At least, we characterized 3 distinct populations of strains issued from humans, their domesticated animals and wild animals.

These 3 levels of study of the evolution of strains allowed to go further into the determination of the factors involved in the adapation of the strains of E. coli to their environments in one side, and their relations between their genome, their habitats and their selective pressure, in the other side.





Structure des populations naturelles de Escherichia coli : Relation avec la virulence et la résistance aux antibiotiques Mathilde LESCAT Structure of natural populations of Escherichia coli: Relation with virulence and resistance to antibiotics L’objectif de ce travail est de préciser à différentes échelles les liens qui existent entre phylogénie, virulence et résistance aux antibiotiques dans l’espèce Escherichia coli. Dans un premier temps, l’étude à porté sur l’estérase B la caractérisant comme un excellent marqueur de phylogénie. L’étude de l’évolution de souches par le séquençage de génomes entiers a ensuite été rélaisé par génomique comparative. Nous avons à cette occasion identifié un module chromosomique de résistance chez une souche responsable d’infections urinaires et multirésistante. La troisième partie du travail a concerné des populations d’isolats naturels provenant d’humains, de leurs animaux domestiques et d’animaux sauvages, caractérisées comme très distinctes. Ces 3 niveaux d’étude de l’évolution de souches nous ont permis de préciser les facteurs qui régissent leur adaptation à différents environnements, les rapports entre leur génome, leurs habitats écologiques et les pressions de sélection subies. The aim of this work was to precise relations between phylogney, virulence and resistance to antibiotics in the species Escherichia coli. At first, we characterized the esterase B, as a perfomant marker of phylogeny. The study of the evolution of strains was then realised using whole genome sequencing. This allowed also us to identify a chromosomic module of resistance in a virulent and multiresistant strain. At least, we characterized 3 distinct populations of strains issued from humans, their domesticated animals and wild animals. These 3 levels of study of the evolution of strains allowed to go further into the determination of the factors involved in the adapation of the strains of E. coli to their environments in one side, and their relations between their genome, their habitats and their selective pressure, in the other side. Mots clés : Escherichia coli, phylogénie, virulence, résistance, clonalité.