L'Institut Claude Bernard est le fruit de la volonté de ses différentes tutelles, l'Université Paris Diderot (Paris 7), l'Inserm, l'Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, le CNRS et l’Université Paris Nord (Paris 13), d'allier leurs efforts pour soutenir les équipes de recherche biomédicale du nord de Paris et de la région Ile de France et accroître la visibilité de leurs travaux.

Il fédère ainsi les équipes de recherche de l'UFR de Médecine de l'Université Paris Diderot à l'exception de celles déjà fédérées dans l'Institut Universitaire d'Hématologie à l’hôpital Saint-Louis, avec lequel il développe néanmoins des relations privilégiées.

Son principal objectif est de rassembler la communauté des chercheurs fondamentalistes et cliniciens à travers une politique d'équipement coordonnée et d'optimisation de l'utilisation des moyens matériels et humains. En particulier l'Institut s’attache à mettre à la disposition de cette communauté un ensemble  de plateaux techniques, de plateformes et autres outils de recherche de pointe, notamment dans le domaine des imageries moléculaires et fonctionnelles, de la génomique et de la protéomique.

Ses autres objectifs sont :

- de stimuler les interactions entre l'UFR de Médecine et les autres UFR de l'Université Paris Diderot,

- d'offrir à la communauté scientifique francilienne et au delà, des outils de recherche d'excellence dans le cadre d'une politique de développement et de labellisation de ses plateformes de recherche,

- de valoriser les travaux réalisés au sein de l'Institut et d'accroître ainsi la visibilité de chaque équipe et de l'Institut dans son ensemble.